Struktur Organisasi Perangkat Daerah Pemerintah Kabupaten Berau terdiri dari :

A. Sekretariat Daerah, dipimpin Sekretaris Daerah yang membawahi 3 (tiga) Asisten yaitu :
1. Asisten Pemerintahan dan Kesra, membawahi :
a. Bagian Tata Pemerintahan
b. Bagian Kerjasama, Penataan Wilayah dan Pengembangan Daerah Terpencil
c. Bagian Hukum dan Perundang Undangan
d. Bagian Kesejahteraan Rakyat

2. Asisten Pembangunan dan Perekonomian, membawahi :
a. Bagian Pembangunan
b. Bagian Perekonomian
c. Bagian Layanan Pengadaan Barang dan Jasa

3. Asisten Administrasi Umum, membawahi :
a. Bagian Protokol dan Humas
b. Bagian Organisasi
c. Bagian Umum dan Kepegawaian
d. Bagian Keuangan dan Perlengkapan

B. Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, dipimpin Sekretaris Dewan yang membawahi 3 (tiga) Kepala Bagian yaitu :
1. Bagian Umum dan Perlengkapan, membawahi :
a. Sub Bagian Tata Usaha dan Kepegawaian
b. Sub Bagian Rumah Tangga
c. Sub Bagian Pengadaan dan Pemeliharaan

2. Bagian Keuangan, membawahi :
a. Sub Bagian Perencanaan dan Anggaran
b. Sub Bagian Pelaporan
c. Sub Bagian Akuntansi

3. Bagian Rapat dan Persidangan, membawahi :
a. Sub Bagian Rapat dan Risalah
b. Sub Bagian Perumusan Produk Hukum
c. Sub Bagian Humas dan Protokol

C. Sekretariat Dewan Pengurus Korpri, dipimpin Sekretaris yang membawahi 3 (tiga) Kepala Sub Bagian yaitu :
a. Sub Bagian Umum dan Kerjasama:
b. Sub Bagian Pengembangan SDM dan Kesejahteraan
c. Sub Bagian Hukum dan Humas

D. Inspektorat , dipimpin Inspektur yang membawahi 4 (empat) Inspektur Pembantu yaitu :
a. Inspektur Pembantu Wilayah I
b. Inspektur Pembantu Wilayah II
c. Inspektur Pembantu Wilayah III
d. Inspektur Pembantu Wilayah IV

E. Dinas Daerah terdiri atas :
1. Dinas Pendidikan
2. Dinas Kesehatan
3. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang
4. Dinas Perumahan dan Kawasan Permukiman
5. Satuan Polisi Pamong Praja
6. Dinas Sosial
7. Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi
8. Dinas Pengendalian Penduduk, Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak
9. Dinas Pangan
10. Dinas Pertanahan
11. Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan
12. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
13. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Kampung
14. Dinas Perhubungan
15. Dinas Komunikasi dan Informatika
16. Dinas Koperasi, Perindustrian dan Perdagangan
17. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
18. Dinas Kepemudaan dan Olahraga
19. Dinas Kebudayaan dan Pariwisata
20. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan
21. Dinas Perikanan
22. Dinas Pertanian dan Peternakan
23. Dinas Perkebunan

F. Badan Daerah tediri atas :
1. Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan (BKPP)
2. Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (BPKAD)
3. Badan Pendapatan Daerah (BAPENDA)
4. Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan (BAPELITBANG)
5. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik
6. Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD)

G. Kecamatan terdiri atas :
1. Kecamatan Tanjung Redeb
2. Kecamatan Gunung Tabur
3. Kecamatan Sambaliung
4. Kecamatan Teluk Bayur
5. Kecamatan Tabalar
6. Kecamatan Biatan
7. Kecamatan Talisayan
8. Kecamatan Batu Putih
9. Kecamatan Biduk-Biduk
10. Kecamatan Pulau Derawan
11. Kecamatan Maratua
12. Kecamatan Segah
13. Kecamatan Kelay

H. Kelurahan terdiri atas :
1. Kelurahan Tanjung Redeb
2. Kelurahan Bugis
3. Kelurahan Karang Ambon
4. Kelurahan Gayam
5. Kelurahan Gunung Panjang
6. Kelurahan Bedungun
7. Kelurahan Rinding
8. Kelurahan Teluk Bayur
9. Kelurahan Gunung Tabur
10. Kelurahan Sambaliung